De Clone Wars lopen op hun einde. De oorlog tussen de Confederatie en de onafhankelijke planeten heeft een vernietigende indruk achter gelaten op veel van deze planeten. Palpatine probeert orde te scheppen in de chaos door een Galactisch Keizerrijk te stichten. Ondertussen probeert hij Anakin verder richting de Dark Side te verleiden, die hierdoor worstelt met zijn relatie met de (inmiddels zwangere) Padmé.