Wanneer een nieuwe dreiging in Gotham alle experimentele technologieën begint te stelen, wordt Batman op de hoogte gebracht. Maar hij is niet de enige die interesse toont in dit probleem: ook de Teenage Mutant Ninja Turtles - broers Leonardo, Donatello, Raphael en Michelangelo - mengen zich in het gevecht. Als blijkt dat hun beide aartsvijanden The Shredder en Ra's Al Guhl hun krachten hebben gebundeld, besluiten Batman, Robin en Batgirl samen te werken met de Turtles.