Jim Phelps en zijn elite-team bereiden in Praag een minutieus plan voor om een computerdiskette met de identiteit van de Amerikaanse spionnen uit de handen van de vijand te houden. Het team, bestaande uit Ethan Hunt, Phelps' mooie vrouw Claire, Sarah Davies en een electronische expert, weet dat een diefstal gepland is op een ambassade-gala in Kiev. Helaas loopt het plan verkeerd af en wordt het hele team, op Hunt en Claire na, brutaal vermoord. Wanneer Hunt overstuur contact opneemt met het bureau van zijn regering, wordt hem verteld dat hij beschuldigd wordt van de moorden. Hunt laat dit niet zomaar gebeuren en gaat zelf op zoek naar de echte moordenaars.