Thomas is ontsnapt uit het labyrint, overleefde de Scorch Trials en moet nu een laatste test ondergaan. Wat WICKED niet weet, is dat zijn herinneringen verder teruggaan dan de organisatie vermoedt. Hij wordt nu aan een allerlaatste test onderworpen en moet alles ondernemen om zijn vrienden terug te vinden. Thomas gaat op een missie om het geneesmiddel tegen de dodelijke Flare-ziekte te vinden. Vriendschap en loyaliteit komen onder druk te staan tijdens het gevecht tegen WICKED, waardoor ook bepaald wordt wie het overleeft.