'X-Men: First Class' vertelt over de epische beginselen van de X-Men sage, en onthult de geheime geschiedenis van wereldwijde gebeurtenissen. Voordat mutanten zichzelf voor de wereld bekend maakten en voordat Charles Xavier (James McAvoy) en Erik Lensherr ( Michael Fassbender) de namen Professor X en Magneto aannamen, waren ze twee jonge mannen die hun krachten nog voor het eerst moesten ontdekken. Ze waren toen nog geen aartsvijanden, sterker nog, ze waren beste vrienden die samen met andere mutanten (sommige bekend, sommige nieuw) de aanstaande armageddon probeerden te stoppen. Ergens in dat proces ontstaat er een kloof tussen beide mannen, waardoor de eeuwigdurende oorlog tussen Magneto's broederschap en de X-Men begon.