Sinds Sonic in Green Hills woont, wil hij maar wat graag laten zien dat hij een echte held is. En die kans krijgt hij als Dr. Robotnik terugkeert, die met zijn nieuwe partner Knuckles op zoek is naar een smaragd met een allesvernietigende kracht. Samen met zijn eigen sidekick Tails reist Sonic de wereld over om de smaragd te vinden voordat deze in de verkeerde handen valt.