De kleine en gemene Plankton probeert al jaren de formule te stelen van de beroemde krabburgers en de wereld over te nemen. Zijn computervrouw Karen heeft zich gerealiseerd dat Plankton niet alleen gefaald heeft in zijn plannen, maar dat hij haar ook nog eens slecht behandelt. Daarom besluit ze hem te verlaten en zelf de wereld te veroveren. Met tegenzin moet Plankton samenwerken met SpongeBob en zijn vrienden om Karen terug te vinden en hun relatie te redden.